چاپ مقاله دکتر ساقی سپهری

مقاله دکتر ساقی سپهری (دانشیار شیمی دارویی) با عنوان Rational Design of Novel Inhibitors: Integrating 3D-QSAR and Molecular Dynamics با ضریب تأثیر 2/30 در مجله BioMed Research International به چاپ رسید. لازم به ذکر است ایشان به عنوان نویسنده مسئول در این مقاله مشارکت داشته‌اند. مجله مذکور توسط انتشارات ProQuest چاپ و در پایگاه‌های اطلاعاتی Pubmed ,ISI و Scopus نمایه می‌شود.

این مطالعه یک چارچوب محاسباتی یکپارچه ارائه می‌دهد که مدل‌سازی 3D-QSAR را با شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی ترکیب می‌کند تا طراحی منطقی مهارکننده‌های اوره‌آز مبتنی بر تری‌آزول را پیش ببرد. با توجه به نقش اوره‌آز به عنوان یک عامل بیماری‌زایی مرکزی در هلیکوباکتر پیلوری و ارتباط فزاینده آن در عفونت‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک، روش‌های پیش‌بینی مؤثر برای توسعه مهارکننده در مراحل اولیه ضروری هستند. مجموعه‌ای از 54 مشتق تری‌آزول با استفاده از تجزیه و تحلیل میدان مولکولی مقایسه‌ای (CoMFA) و تجزیه و تحلیل شاخص‌های شباهت مولکولی مقایسه‌ای (CoMSIA) بررسی شد و مدل‌های آماری قوی و پیش‌بینی‌کننده‌ای ایجاد کرد که ویژگی‌های فضایی، آبگریز و پیوند هیدروژنی زیربنایی قدرت مهاری را روشن می‌کنند. این بینش‌ها، که توسط داکینگ مولکولی و تجزیه و تحلیل رابطه ساختار-فعالیت پشتیبانی می‌شوند، به ساخت یک مدل فارماکوفور مورد استفاده برای غربالگری پایگاه داده ZINC کمک کردند. چندین مولکول کاندید، از جمله ZINC84668437، ZINC84669798 و ZINC244633273، از نظر محاسباتی امیدوارکننده ظاهر شدند و ویژگی‌های پیش‌بینی‌شده‌ی مطلوبی از نظر دارویی و ADMET نشان دادند. متعاقباً از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی برای ارزیابی پایداری دینامیکی و رفتار ساختاری کمپلکس‌های لیگاند-اوره‌آز استفاده شد که انسجام گردش کار محاسباتی یکپارچه را تقویت می‌کند.